महालेखा नियन्त्रक कार्यालयको जिल्लास्थित प्रतिनिधि कार्यालयको रुपमा कोष तथा लेखा नियन्त्रक कार्यालय, मकवानपुरको स्थापना वि.सं. २०३८ सालमा भएको हो। महालेखा नियन्त्रक कार्यालयको नीति, निर्देशन र प्रचलित कानूनको अधीनमा रही यस कार्यालयले जिल्लास्थित कार्यालयहरुको आर्थीक कारोबारको रेखदेख, निरीक्षण गर्ने र राय सल्लाह दिने कार्य गर्दै आएको छ। यस कार्यालय मकवानपुर जिल्लाको सदरमुकाम हेटौँडामा अवस्थित छ।

यस कार्यालयले प्रचलित कानून बमोजिम आफ्नो कार्यक्षेत्र भित्र पर्ने कार्यालयहरुलाई अख्तियारी र बजेट बाँडफाँड बमोजिम निकासा दिने रकमको कार्यालयगत र गोश्वारा लेखा राख्ने, निकासा दिने, निकासा दिइएको रकमको विवरण बैङ्कबाट प्रमाणित गराई राख्ने तथा राजस्व, विनियोजन, धरौटी, जिन्सी र कानून बमोजिम खडा भएको कार्यसञ्चालन कोषको आन्तरिक लेखापरीक्षण गराउने लगायतका कार्यहरु गर्दै आएको छ।

संघीयता कार्यान्वयन पश्चात महालेखा नियन्त्रक कार्यालयको प्रतिनिधिको रुपमा यस कार्यालयले प्रदेश तथा स्थानीय सञ्चित कोषको सञ्चालन, लेखाङ्कन प्रतिवेदन तथा खाता सञ्चालन सम्बन्धमा आवश्यक समन्वय र सहजीकरण गर्ने तथा परामर्श दिने काम पनि गर्दै आएको छ।